Premios Garzón ha sido propuesto en varias ocasiones, por diferentes asociaciones, al Comité de los Premios Nobel en Oslo su candidatura para el nobel de la Paz. En septiembre de 1999 fue galardonado con un premio "Bravo de Negocios", en la categoría "Filántropo del año" - que otorga el revista "Latin Trade" de Miami-, por su decisión de encausar al ex general chileno Augusto Pinochet. En diciembre de 1999, recibió el "Ernest Hemingway" de la Asociación de Corresponsales de Prensa Extranjera (ACPE), en reconocimiento a sus investigaciones sobre las violaciones a los derechos humanos en las dictaduras militares de Argentina y Chile. En diciembre del 2000, el premio "Isidro Fabela" que otorga la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). En septiembre de 2002 un Comité de apoyo suizo a la candidatura del juez al Premio Nobel de la Paz 2002 recaudó firmas de personalidades de varios países, por iniciativa de la diputada ginebrina Loly Bolay. En noviembre de 2002 el Foro de Ermua le concedió el premio José Luís López de Lacalle a la Convivencia, por "su lucha contra la impunidad" y por haber devuelto "la dignidad a las víctimas" del terrorismo. La Fundación Gregorio Ordóñez le premió en 2003 por "representar la vanguardia de la lucha contra el terrorismo". En octubre de 2004 recibió junto con el decano de los jueces antiterroristas franceses, Jean-Louis Bruguiere, el premio 2004 de la Fundación del Forum Universale, en Mónaco. En noviembre de 2004, fue galardonado con el Gran Premio 2004 de la Academia Universal de las Culturas, creada en 1992 por el Nobel de la Paz Elie Wiesel. Asimismo, ha recibido el título de doctor honoris causa por diversas universidades, entre ellas, la New York School University (EEUU, agosto 2002), la Universidad de Rosario (Argentina, abril 2003), la Universidad Nacional de Quilmes (Buenos Aires, Argentina, en abril 2003), la Universidad Nacional del Sur de Argentina (octubre 2003), la Universidad de Santa Cruz (Bolivia, septiembre de 2004), la Universidad Autónoma de Chiapas (México) (enero 2005), la Universidad Libre de Bruselas (ULB) (noviembre 2005).